Vasco Fernandes Coutinho desembarcou na capitania em dia 23 de maio de 1535, na atual Prainha, em Vila Velha, onde fundou o primeiro povoamento. Como era oitava de Pentecostes, o donatário batizou a terra de Espírito Santo, em homenagem à terceira pessoa da Santíssima Trindade.

Para colonizar a terra, Vasco Coutinho dividiu a capitania em sesmarias – terras abandonadas e que, a partir da inclusão deste sistema, deveriam ser cultivadas, fomentando a agricultura e a produtividade. Esses “lotes” foram distribuídos entre os 60 colonizadores que vieram com ele.

Em Vila Velha, os portugueses sofriam constantes ataques dos índios Tupis que habitavam a região. Em 1549, Vasco Coutinho procurou um lugar mais seguro e escolheu a ilha montanhosa onde fundou um novo núcleo com o nome de Vila Nova do Espírito Santo, atual Vitória. A partir de então, a primeira vila passou a ser chamada de Vila Velha.

As lutas contra os índios continuaram, até que em 8 de setembro de 1551 os portugueses obtiveram uma grande vitória. Para marcar o fato, a localidade passou a se chamar Vila da Vitória e a data ficou como a de fundação da cidade. Vitória também ficou conhecida como “Ilha do Mel”, pois, ao ser vista de longe, a grande quantidade de plantações de milho deixava a paisagem dourada. A palavra “capixaba”, inclusive, que denomina quem nasce no Espírito Santo, vem do Tupi e significa “roça de milho”.

Em seus 25 anos como donatário, Vasco Coutinho realizou obras importantes. Além da construção das duas vilas, ergueu as duas primeiras igrejas locais: a do Rosário, fundada em 1551 (a mais antiga do Brasil em atividade) e a de São João, ambas em Vila Velha.

Ao longo desse período também foram construídos os primeiros engenhos de açúcar, principal produto da economia por três séculos, reinando de forma absoluta até 1850, quando foi substituído pelo café. Em 1551, o padre Afonso Brás fundou o Colégio e Igreja de São Tiago, em Vitória, construção que, após sucessivas reformas, transformou-se no atual Palácio Anchieta, sede do Governo do Estado.

Com a chegada de missionários jesuítas, foram fundadas as localidades de Serra, Nova Almeida e Santa Cruz, em 1556. Na tarefa de catequisar os índios da região, destacou-se padre José de Anchieta, que fundou a cidade Anchieta, e escolheu viver no Espírito Santo até o fim de sua vida.

Em 1558, a vinda do frei Pedro Palácios resultaria na fundação do principal monumento religioso do Estado: o Convento da Penha, em Vila Velha, uma homenagem a Nossa Senhora da Penha, padroeira do Espírito Santo.